La historia es de todos conocida, de la escalada y toma de las murallas de la villa por parte de Alfonso VI —rey de León y Castilla— en 1083. Pero hay estudios modernos que abren otra línea de investigación, con sus pruebas de que no fue así, sosteniendo que Mayrit fue un regalo del rey de Toledo, AL-Qadir, por la ayuda prestada por Alfonso VI en la guerra entre los reyes moros de Toledo y Valencia. Se justifican estas teorías por la mezcla de apellidos moros y cristianos que había en la antigua medina. Esto sería imposible en una ciudad tomada al asalto.

Por el año 1110 los almohades intentan reconquistar Madrid, pero solo consiguen destruir un trozo de muralla. Esta es otra parte de la teoría que siembra la enemistad de moros y cristianos. Con esto se consigue expulsar a los moros de intramuros y mandarlos al arrabal al otro lado del arroyo de San Pedro, y los cristianos que habitaban allí pasaron a ocupar las casas abandonadas.

Madrid se va poblando cada vez más, una vez asegurada la línea fronteriza. Se quedan soldados —tanto peninsulares como europeos que venían a ayudar en la reconquista— a los que se les dan tierras para su instalación, y también se asentaron en la villa clérigos y órdenes religiosas. Los vecinos se agrupaban por oficios o por afinidad de origen. Esto originaba un problema, pues cada vez había que ampliar los tramos de muralla, hacer nuevas puertas o portillos; estos gastos eran costosos, lo que originó un impuesto para este fin.