No se sabe a ciencia cierta lo que impulsó a Felipe II a situar la corte en Madrid. Los historiadores especulan con muchísimas causas:

• las razones políticas, con los continuos enfrentamientos de la monarquía con la alta nobleza y el todopoderoso arzobispo de Toledo, aunque esto no pasaba en Madrid, puesto que no había alta nobleza y no tenía obispo (no lo tuvo hasta el siglo XIX);
• la abundancia de agua en pozos y viajes de agua, manteniendo y aumentando la herencia árabe y el buen recuerdo, pues las aguas de la fuente de San Isidro le curaron unas fiebres cuando era pequeño;
• a la reina la sentaba mal el clima de Toledo, y la altura de Madrid y su clima seco eran buen remedio contra las pestes;
• la abundancia de leña, único combustible casero y madera necesaria para la construcción;
• no menos importante es la cercanía de El Pardo, con abundante caza, que era la distracción más relevante de los poderosos.

Por otra parte, se han producido grandes cambios en el Reino: se ha terminado la Reconquista, se ha expulsado a los judíos, y también a los moriscos; se ha unido en una misma persona los distintos reinos de la península, convirtiendo la Villa y Corte en la capital de un imperio donde no se ponía el sol.

Por aquella época Madrid crece enormemente, y en el censo de 1563 se cuentan dos mil quinientas casas, pero en el 1603 son ya siete mil las casas censadas.

Por unas razones u otras, en 1561 Felipe II tomó la decisión de establecer la corte en Madrid de forma permanente, quedando el Sello Real depositado en el Alcázar, símbolo inequívoco, junto a la presencia permanente del Rey y del Consejo Real, de capitalidad.