Esta antigua ermita era la Iglesia parroquial del pueblo de Carabanchel antes de su anexión a la Capital (1948 ).

La tradición recoge que cuando estaba dedicada a santa María Magdalena rezaría en ella San Isidro Labrador, ya que el santo trabajó en las cercanías, posesión de Iván de Vargas, su amo.

De estilo mudéjar, y al parecer edificada sobre una villa romana de los siglos II o III, se la considera la iglesia más antigua de Madrid. El ábside está decorado con una ventana mudéjar de arco apuntado que sorprende por su pureza. El pórtico es considerado el mejor ejemplo de arquitectura mudéjar de toda la Comunidad. El interior esta retocado, pero existen restos de pinturas más antiguas que la datación de la iglesia.

A finales del siglo pasado se encontró en su interior una zona que podría haber servido de antigua vivienda, un pozo fechado en el siglo XI o XII antes que la iglesia en el que rezaba una inscripción: «Pozo de San Ysidro». Se dice que podría ser el autentico pozo del Milagro.

Actualmente Santa María la Antigua funciona como iglesia del cementerio de Carabanchel Bajo.